wetの人間がNGSの再解析で困ったことを羅列しただけの記事です。
解決策も一緒に述べられればいいのですが、まだまだ未熟なので試行錯誤の段階...。
修行が足りません。
追々追記します。
そのうちこんな事もあったなあと思えるようになりたい。
再現性が取れない
困りますね、再現性が取れないと。
(...どう解析すれば論文と同じデータが取れるんだ！)
筆者がパッケージを自作していて具体的に行っている解析が不透明
とても困る。
マテメソも不十分だし、記載されている事以外にも何かやってるだろ！って思う。
再現性取らせる気あるのか？データの信憑性低いんか？って思う。(過激)
そもそもNGS解析における再現性とは
何をもって再現性が取れたと言えるのか、とても大事。
筆者たちと全く同じ解析をして同じデータが取れれば再現性なのか、
詳細な解析手法は違えど同じような処理をして同じような傾向を示すデータが得られれば再現性が取れたと言うのか。
それとも他の基準を設けるべきか。
"クライテリア"をどうするかが非常に重要だと感じた。
バージョンがあわない
これ意外とめんどくさい。
とりあえず、気にしない事にした。
統計学を理解していない
致命的です、一刻も早く数学を勉強しましょう。
まあ、ざっとこんな感じです。
統計学はとても重要です、しっかり勉強しましょう。
実験生命科学分野に携わる人間こそ勉強すべきだと思います。
一流雑誌でも、この検定は適正なのか？と思うことはあります。
***の数に惑わされることがないようにしましょう。(自戒)
